多物種的復合生態系統生是構建態溫室的生態模式的主要原理。其內可以種植不同生態位與生態要求的植物，也可以養殖各種經濟動物，或者還結合堆肥與培養蚓蚯，讓每個物種間達到一種和諧生態的互利共生關系。當前從經濟與循環的角度出發，通常的溫室設計，都以結合魚菜共生模式為主，既可以收獲水產又可以豐收蔬菜瓜果，達到經濟與生態的雙重佳期效益。其中養殖的魚是造肥與培育微生物的系統，而植物是好的水質凈化過濾系統，這種生態結合能為經營者創造出更佳的經濟效益，與省的能源物資勞力的投入，可以在生態系統內實行永久的可持續耕作。魚產生的二氧化碳是植物光合作用的原料，植物根系與微生物的生理代謝產生的各種活性酶又可以提高植物的抗病蟲性，種植與養殖的水循環又可以起到活水增氧的效果，是一種真正的現代生態循環農業。構建成本低，能源損耗少，耕作省力化，栽培免農藥少化肥等優點也是其它溫室所不具備的。與常規溫室相比，生態溫室有著其它任何溫室難以比擬的優勢與良好的生態經濟效應。未來有機生態農業的主要溫室模式的強大原因是生態溫室以其強大的生態自修復自調整能力。